- 動かなくなった R session をすぐ kill できる。
function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix
Single-cell関連の解析中に下記エラー。
```
Error in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, :
function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix
```
Matrix のバージョンによるエラーらしい。
Index of /src/contrib/Archive/Matrix
devtools::install_local で 1.6-1 にダウングレードすることで解決。
がん細菌叢にはご注意を？ （2）
がん細菌叢に関連した議論であるが、かなり活発な話題となっている。
そもそも、Dr. Poore が GitHub に Rebuttal analysis のコードをすべて公開している。これ自体は本当に素晴らしいことで、実際動かしてみたがちゃんと GitHub で言及されている解析の再現がとれる。Issue では Variable importance を確認したところ、soil 由来の菌が上位であることも言及されている。
Twitter で、Nature 論文の Author らの検証結果に関するさらなる追検証が行われている。このツイートでは、分類の Importance が高い菌が、コンタミなどで多く見られる菌であることを指摘している。
Science誌面に Nature 論文と、プレプリントに関する記事が出ていた。Authors にインタビューもしている。
Nature にはさらに、Matters arising として、膵がんの mycobiome を検討した論文への批評が出版されている。このタイミングで！
