Interest in microbiology

microbiologyに興味のあるMDです。面白そうな論文を紹介していくつもりです。

BioconductorパッケージのHMP16SData使ってみた

HMP16SData: Efficient Access to the Human Microbiome Project through Bioconductor | bioRxiv

Human Microbiome Project (HMP)のデータセットは使用するのに複雑なバイオインフォマティクス手法が必要であったが、このパッケージによりRのみでHMPデータを解析できる、とのこと。ニコラ・セガタ先生の名前が入っている。実際これが実現可能ならすごく嬉しい。さらにPhyloseq objectまで作成できるらしい!

ここを参考にHMP16SDataに触ってみた。

 

インストールにはBiocInstallerのdevelバージョンが必要でした。私はR 3.5.0、BioConductor 3.7を使用。インストールをして、V1-3かV3-5領域を選択、さらにsiteを選択できる。

V3-5のOralを参考に見てみた。

V35_oral <- V35() %>% subset(select = HMP_BODY_SUBSITE == "Oral")

5秒かからずにダウンロード終了。

ただ参加者のメタデータを取得するのにはdbGaPへのアプリケーションが必要とのことであり、そこは今回断念。

DADA2といい、16Sを解析する際にはRが必須ですね。。