npj viruses という npj シリーズのジャーナルが発刊されている模様。 2023/9からの論文が収載されており、新しいジャーナル。 本邦からも1報あり、クオリティの高い論文が掲載されている模様。 Attenuation of A(H7N9) influenza virus infection in mice e…

微生物叢の機能プロファイルとしてよく用いられてるHUMAnN。 humann2 – The Huttenhower Lab HUMAnN2では、推奨が Download one of the following databases (replacing $DIR with the location to store the database):To download the UniRef90 EC filtere…

Swarm and UNOISE outperform DADA2 and Deblur for denoising high-diversity marine seafloor samples | ISME Communications | Oxford Academic あとでよむ。どうやってベンチマークしたのか。 ISME Communicationsって、存在はしっていたのですが、Oxfor…

anonym.hatenablog.jp 以前にもブログで言及したiMetaであるが、今年のインパクトファクターが 23.7 と発表されていた。初回からこの数値は驚きであるが、中身をみてみると、ComplexHeatmapや、ggtree, fastpなどバイオインフォマティクス、微生物関連の研究…

stackoverflow.com ありがとう stackoverflow

anonym.hatenablog.jp こちらで話題になっていた論文、リトラクトされたらしい。OncogeneのRebuttal論文といい、色々な議論があったのだろうが、著者らの誠実な対応はさすがである。この論文のデータを使った枝葉の論文たちはどういう扱いになるのだろうか。…

動かなくなった R session をすぐ kill できる。

github.com `\r` が原因だった・・・。

RcppAmadillo の問題である Problem to install: OS X "-lgfortran" and "-lquadmath" errors · Issue #16 · privefl/bigstatsr · GitHub thecoatlessprofessor.com