がん細菌叢に関連した議論であるが、かなり活発な話題となっている。 そもそも、Dr. Poore が GitHub に Rebuttal analysis のコードをすべて公開している。これ自体は本当に素晴らしいことで、実際動かしてみたがちゃんと GitHub で言及されている解析の再…

Wordファイルに埋め込んだ画像ファイルが、PDFファイルにエクスポートしたときにとても低画質になってしまう。論文を書いたりしたことがある人なら、一度は経験したことではないだろうか。Adobe に課金すれば画像入れ替えは簡単だが、Pythonを使って同じこと…

"Cancer microbiome"の研究について警鐘を鳴らすプレプリントが 7/30 に報告されている。 www.biorxiv.org 主には、2020年に Nature に掲載されたがん細菌叢の論文（Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach | Nature…

微生物叢のfunctional profilingを行うツールの中ではおそらく最もよく使われているであろうPICRUSt2のOutputをいい感じにプロットするRライブラリがarxivで公開されている。色々なパッケージが開発されていて面白い。 arxiv.org (2023/10/11) Publishされて…