動かなくなった R session をすぐ kill できる。

github.com `\r` が原因だった・・・。

RcppAmadillo の問題である Problem to install: OS X "-lgfortran" and "-lquadmath" errors · Issue #16 · privefl/bigstatsr · GitHub thecoatlessprofessor.com

Single-cell関連の解析中に下記エラー。 ```Error in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, : function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix``` Matrix のバージョンによるエラーらしい。 Index of…

Preprint がパブリッシュされていた（はや！）。 https://journals.asm.org/doi/10.1128/mbio.01607-23

がん細菌叢に関連した議論であるが、かなり活発な話題となっている。 そもそも、Dr. Poore が GitHub に Rebuttal analysis のコードをすべて公開している。これ自体は本当に素晴らしいことで、実際動かしてみたがちゃんと GitHub で言及されている解析の再…

Wordファイルに埋め込んだ画像ファイルが、PDFファイルにエクスポートしたときにとても低画質になってしまう。論文を書いたりしたことがある人なら、一度は経験したことではないだろうか。Adobe に課金すれば画像入れ替えは簡単だが、Pythonを使って同じこと…

"Cancer microbiome"の研究について警鐘を鳴らすプレプリントが 7/30 に報告されている。 www.biorxiv.org 主には、2020年に Nature に掲載されたがん細菌叢の論文（Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach | Nature…

微生物叢のfunctional profilingを行うツールの中ではおそらく最もよく使われているであろうPICRUSt2のOutputをいい感じにプロットするRライブラリがarxivで公開されている。色々なパッケージが開発されていて面白い。 arxiv.org (2023/10/11) Publishされて…

BioCyc（というより、MetaCyc）の27.0がリリースされているようだった。早速ダウンロードして確認してみる。 引用 前回のリリース以降、MetaCycには新たに24の代謝経路が追加され、2つの既存の経路が改訂され、合計26の新しい・改訂された経路が含まれるよう…

おまじない library(BiocManager)options(repos = BiocManager::repositories()) community.rstudio.com

r - how can I avoid extreme when I am trying to plot heatmap of a data - Stack Overflow あまり考えたことが無かったが、データをいじらずに表示するには、確かにこうするしかないか。

Error: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error github.com sqlite3 まわりのエラーらしい。私は3.7.17でエラーが出たが、上記Issueでは3.30.1を利用している。3.8.2以降であれば問題ないという記載もあるが、それ以前のバージョ…

Finding maximum sequence length and set size.Error: msa2profile died github.com mambaでインストールしていたが、バージョンによってeggNOGがインストールできない。Sourceからインストールすることで解決した。 github.com

DAA手法のレビューは幾つかあるが、Microbiome誌に新しい論文が出版されていた。 microbiomejournal.biomedcentral.com Compositional effectを考えたDAAツールであるANCOM-BC, Aldex2, metagenomeSeqとDACOMP、LDMを比較し、これらはFalse-positiveのコント…

複数のサンプルからアセンブルするのに、どのような考え方があるのか。最近下記のような論文がMicrobiomeから出版されており、これは(1) individual assembly: 各サンプル毎のアセンブリ -> それぞれの遺伝子についてクラスタリング、(2) co-assembly、(3)in…

versionの問題のようで、1.3.0にアップデートすることで解決する。 Fortran runtime error when using authority_score() · Issue #299 · igraph/rigraph · GitHub

RNA-Seqの表記ですが、RNA-SeqとRNA-seqのどちらかが正しいんでしょうか。Sを大文字にするかどうかの微妙な部分ですが、正式な表記をしたいですね。 Google検索では下記のSEQanswers(フォーラム)のポストが挙がってきます。 seqanswers.com これによると"RNA…

iMetaというジャーナルがWileyから発刊され、記事がpublishされ始めているようです。Editorial Boardも高名な先生ばかりですね。メタゲノムに関連したバイオインフォマティクスツールなどもpublishされるようで、伸びそうな気がして記事にしました。下記のよ…

github.com 全くmicrobiologyと関係ありませんが･･･ pandas 1.4.0を使っていると表題のエラーがでるようです。 pandas 1.3.5にダウングレードしましょう。 pip install pandas==1.3.5

RibDifというアプリケーションがBioinformatics Advancesで公開されていた。属や種内の16SリボソームRNA遺伝子の違いを評価することが可能で、アンプリコンシークエンスを行った際にSpecies resolutionが可能かどうかを検討評価できる。特定の属について議論…

github.com & theme(legend.position = 'bottom') が肝であった

bibliographies - Superscripts in bibliography with bibtex - TeX - LaTeX Stack Exchange

MetaPhlAn3.0が利用できるようですね。MetaPhlAn3なのか3.0なのか･･･。公式には3.0なので3.0でしょう。変更点として下記が挙げられています。 新しいクレードマーカー遺伝子（New MetaPhlAn marker genes extracted with a newer version of ChocoPhlAn base…

github.com とても便利でした。SRAからone lineでメタデータ含めてデータをダウンロードできます。それでもBioinformatics誌に載るのね･･･ grabseqs sra SRP####### Taylor LJ, Abbas A, Bushman FD. grabseqs: Simple downloading of reads and metadata fr…

amplicon sequence variants (ASVs)をベースにしたパイプラインでのPiphillinの性能を検討した論文が出ていた。PICRUSt2を強く意識しているようであり、PICRUSt2は1. リファレンス系統樹が必要であること、2. メモリが大量に必要であることが問題であり、さ…

ポピュラーなLEfSeですが、アウトプットとして用いられるのは*.resファイルとcladogram、barplotです。肝心の.resファイルのカラムの意味が公式のwikiにも書いていなかった。どこかに書いていないかと思ったらGoogle groupのフォーラムに投稿があった。載せ…

Rob KnightのグループからMicrobe-metabolite interactionをニューラルネットワークを使って学習するツールが公開されている。QIIME2でも使えるとのことだがやはりQIIME2は使いにくい... HuttenhowerのグループからもMelonnPan(Model-based Genomically Info…

Penalizing such cases would be overly strict: in the absence of a the gene's genomic context, this looks like a perfectly reasonable alignment (READ2 may fall in a non-coding region and not align, or it may align to another [isolated] codi…

anonym.hatenablog.jp コチラも参照。 細菌叢解析 http://rpubs.com/CPEL/NMDS veganを使いこなしたい方に。metaMDSを使ったNMDS解析のTutorial 16S f1000research.com これを見ればもう大体分かる。セミナーとか出なくても。。 metagenome genominfo.org 最…