Error: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error
sqlite3 まわりのエラーらしい。私は3.7.17でエラーが出たが、上記Issueでは3.30.1を利用している。3.8.2以降であれば問題ないという記載もあるが、それ以前のバージョンでもうまくいくためよく分からない。私は3.36.0にダウングレードして、@TakashiKoyamaさんの
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/sqlite3/lib
追記でうまくいった。