最近、学生がLog変換したデータから計算したBray-Curtis (BC) dissimilarityのNMDS Plotを見せてきたんだ。私はBCの前のlog変換は意味がわからないと思った、なぜなら「2サンプル間の差異の合計と、Speciesの合計の割合」という本来のBC dissimilarityの意味…

DADA2で得られたASVsから、PiCRUSTを用いて機能予測を行う方法は、Githubで議論されている方法と、QIIME2のフォーラムで議論されている方法があるよう。また、Langille Lab(PICRUStの産みの親)のGitHubでもチュートリアルが公開されている。(publication rea…

DESeq2 マイクロバイオーム関連でも沢山使用されはじめたDESeq2に関するメモ。 ・プレフィルタリングについて 「例えば、(合計が)＊＊＊readよりも少ないサンプルを除去する。このようなデータクリーンアップは有用であり、必須であり、論文にはよく詳細を記…