Interest in microbiology

microbiologyに興味のあるMDです。面白そうな論文を紹介していくつもりです。

DADA2からPICRUStへ

DADA2で得られたASVsから、PiCRUSTを用いて機能予測を行う方法は、Githubで議論されている方法と、QIIME2のフォーラムで議論されている方法があるよう。また、Langille Lab(PICRUStの産みの親)のGitHubでもチュートリアルが公開されている。(publication readyではないという但し書きがされているが。)

GitHub - vmaffei/dada2_to_picrust: Experimental pipeline to perform de novo PICRUSt on de-noised amplicon sequence variants (ASV)

github.com

https://forum.qiime2.org/t/picrust-support/1376

フォーラムの方で、ASVを再度vsearchでクラスタリングしてPICRUSt使う、というのに懸念を示してるユーザもいるみたいだが、どういう問題が起こるんだろう?

確かにDenoised後のリードを再度クラスタリングする、というのは何かひっかかる感じはするが、Denonised後であればClosed reference OPしても問題ない気もする。

 

追記:

anonym.hatenablog.jp