MetaPhlAn3.0が利用できるようですね。MetaPhlAn3なのか3.0なのか･･･。公式には3.0なので3.0でしょう。変更点として下記が挙げられています。 新しいクレードマーカー遺伝子（New MetaPhlAn marker genes extracted with a newer version of ChocoPhlAn base…

github.com とても便利でした。SRAからone lineでメタデータ含めてデータをダウンロードできます。それでもBioinformatics誌に載るのね･･･ grabseqs sra SRP####### Taylor LJ, Abbas A, Bushman FD. grabseqs: Simple downloading of reads and metadata fr…

amplicon sequence variants (ASVs)をベースにしたパイプラインでのPiphillinの性能を検討した論文が出ていた。PICRUSt2を強く意識しているようであり、PICRUSt2は1. リファレンス系統樹が必要であること、2. メモリが大量に必要であることが問題であり、さ…

ポピュラーなLEfSeですが、アウトプットとして用いられるのは*.resファイルとcladogram、barplotです。肝心の.resファイルのカラムの意味が公式のwikiにも書いていなかった。どこかに書いていないかと思ったらGoogle groupのフォーラムに投稿があった。載せ…

Rob KnightのグループからMicrobe-metabolite interactionをニューラルネットワークを使って学習するツールが公開されている。QIIME2でも使えるとのことだがやはりQIIME2は使いにくい... HuttenhowerのグループからもMelonnPan(Model-based Genomically Info…