genomebiology.biomedcentral.com OTU pickingには言わずとしれたdenovo, closed, openが知られているが、 １．シークエンスデプスが増加するに伴いリードをペア比較する計算量が増大する。そのためヒューリスティックを使って、精度と効率を妥協している。 …

forum.qiime2.org プラグインが出ていますね． ただdevバージョンと違って，最新のPICRUSt2ではフルパイプラインをpicrust2_pipeline.pyで実行可能らしい（https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script）のでそちらから使った方が簡単か…

表題、あまり数は無いみたいですね。Complete genomeから16S領域を抽出したくて探してみましたが。 RNAmmer(http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/)はweb版はありますがacademic useには登録が必要みたいです。SEARCH_16S(USEARCH)(https://www.drive5.co…

PICRUSt PICRUSt2 github.com Tax4Fun Piphillin journals.plos.org SINAPS www.biorxiv.org

PICRUSt1の後継、PICRUSt2を最近使用し始めた。微生物叢（16Sの場合、細菌叢）内に存在するgene familiesやパスウェイを16S amplicon sequencing dataから予測するツールである。GG13_5に対してpickされたOTUだけでなくAmplicon Sequence Variantsも入力とし…

review of methods and databases for metagenomic classification and assembly | Briefings in Bioinformatics | Oxford Academic まとまっていて分かりやすい。(Briefings in Bioinformatics) Best practices for analysing microbiomes | Nature Reviews…

HMP16SData: Efficient Access to the Human Microbiome Project through Bioconductor | bioRxiv Human Microbiome Project (HMP)のデータセットは使用するのに複雑なバイオインフォマティクス手法が必要であったが、このパッケージによりRのみでHMPデータ…

Google Scholarで"beta-diversity"と"alpha-diversity"を含む論文数を年毎にプロットした。当たり前だけど増えている。beta diversity > alpha diversityなのはどうしてなんでしょうね。

記事を読んだ。 Should you transform RNA-seq data: Log, VST, voom?seqqc.wordpress.com RNA-Seqなどのカウントデータを扱う時の問題点は、外れ値の存在と、heteroscedasticity（不等分散性）である。edgeRやDESeq2を使ってdifferential expression a…

最近、学生がLog変換したデータから計算したBray-Curtis (BC) dissimilarityのNMDS Plotを見せてきたんだ。私はBCの前のlog変換は意味がわからないと思った、なぜなら「2サンプル間の差異の合計と、Speciesの合計の割合」という本来のBC dissimilarityの意味…

DADA2で得られたASVsから、PiCRUSTを用いて機能予測を行う方法は、Githubで議論されている方法と、QIIME2のフォーラムで議論されている方法があるよう。また、Langille Lab(PICRUStの産みの親)のGitHubでもチュートリアルが公開されている。(publication rea…

DESeq2 マイクロバイオーム関連でも沢山使用されはじめたDESeq2に関するメモ。 ・プレフィルタリングについて 「例えば、(合計が)＊＊＊readよりも少ないサンプルを除去する。このようなデータクリーンアップは有用であり、必須であり、論文にはよく詳細を記…

BiobakeryがBioinformaticsに収載されているのですね。知らなかった。ハッテンバウアー先生のラボは本当にすごいと思います。 bioBakery: a meta’omic analysis environment | Bioinformatics | Oxford Academic 最近は、臨床医としてはマイクロバイオーム研…

Natureでここ最近2報告マイクロバイオームに関する論文が出版されている。 1つは高塩分食と腸内細菌叢の関連を調べた(Nature 551, 585–589.)。 www.nature.com もう1つはマイクロバイオーム研究の新しい時代を提案した(Nature 552, 244–247.)。 MGWASからcau…