RibDifというアプリケーションがBioinformatics Advancesで公開されていた。属や種内の16SリボソームRNA遺伝子の違いを評価することが可能で、アンプリコンシークエンスを行った際にSpecies resolutionが可能かどうかを検討評価できる。特定の属について議論…

MetaPhlAn3.0が利用できるようですね。MetaPhlAn3なのか3.0なのか･･･。公式には3.0なので3.0でしょう。変更点として下記が挙げられています。 新しいクレードマーカー遺伝子（New MetaPhlAn marker genes extracted with a newer version of ChocoPhlAn base…

Rob KnightのグループからMicrobe-metabolite interactionをニューラルネットワークを使って学習するツールが公開されている。QIIME2でも使えるとのことだがやはりQIIME2は使いにくい... HuttenhowerのグループからもMelonnPan(Model-based Genomically Info…

Penalizing such cases would be overly strict: in the absence of a the gene's genomic context, this looks like a perfectly reasonable alignment (READ2 may fall in a non-coding region and not align, or it may align to another [isolated] codi…

genomebiology.biomedcentral.com OTU pickingには言わずとしれたdenovo, closed, openが知られているが、 １．シークエンスデプスが増加するに伴いリードをペア比較する計算量が増大する。そのためヒューリスティックを使って、精度と効率を妥協している。 …

forum.qiime2.org プラグインが出ていますね． ただdevバージョンと違って，最新のPICRUSt2ではフルパイプラインをpicrust2_pipeline.pyで実行可能らしい（https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script）のでそちらから使った方が簡単か…

PICRUSt1の後継、PICRUSt2を最近使用し始めた。微生物叢（16Sの場合、細菌叢）内に存在するgene familiesやパスウェイを16S amplicon sequencing dataから予測するツールである。GG13_5に対してpickされたOTUだけでなくAmplicon Sequence Variantsも入力とし…