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OTU pickingには言わずとしれたdenovo, closed, openが知られているが、
１．シークエンスデプスが増加するに伴いリードをペア比較する計算量が増大する。そのためヒューリスティックを使って、精度と効率を妥協している。
２．Taxonomy assignmentにおいては配列間の距離をベースとした方法を用いる。これらは系統樹構造を加味していない。
で、著者らは
１．banded HMMを用いたシークエンスのアライメント
３．系統樹をベースとしたOTU picking
をすることで問題を解決しようとしている。
