function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix

Single-cell関連の解析中に下記エラー。 ```Error in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, : function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix``` Matrix のバージョンによるエラーらしい。 Index of…

2023-10-11

がん細菌叢にはご注意を？（３）

Preprint がパブリッシュされていた（はや！）。 https://journals.asm.org/doi/10.1128/mbio.01607-23

2023-08-04

がん細菌叢にはご注意を？　（2）

がん細菌叢に関連した議論であるが、かなり活発な話題となっている。そもそも、Dr. Poore が GitHub に Rebuttal analysis のコードをすべて公開している。これ自体は本当に素晴らしいことで、実際動かしてみたがちゃんと GitHub で言及されている解析の再…

2023-08-02

PDF内の画像をPythonを使って入れ替える。

Wordファイルに埋め込んだ画像ファイルが、PDFファイルにエクスポートしたときにとても低画質になってしまう。論文を書いたりしたことがある人なら、一度は経験したことではないだろうか。Adobe に課金すれば画像入れ替えは簡単だが、Pythonを使って同じこと…

2023-08-01

がん細菌叢にはご注意を？

"Cancer microbiome"の研究について警鐘を鳴らすプレプリントが 7/30 に報告されている。 www.biorxiv.org 主には、2020年に Nature に掲載されたがん細菌叢の論文（Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach | Nature…

2023-08-01

ggpicrust2 なるパッケージが公開されている

微生物叢のfunctional profilingを行うツールの中ではおそらく最もよく使われているであろうPICRUSt2のOutputをいい感じにプロットするRライブラリがarxivで公開されている。色々なパッケージが開発されていて面白い。 arxiv.org (2023/10/11) Publishされて…