Interest in microbiology

microbiologyに興味のあるMDです。面白そうな論文を紹介していくつもりです。

がん細菌叢にはご注意を? (2)

がん細菌叢に関連した議論であるが、かなり活発な話題となっている。

 

そもそも、Dr. Poore が GitHub に Rebuttal analysis のコードをすべて公開している。これ自体は本当に素晴らしいことで、実際動かしてみたがちゃんと GitHub で言及されている解析の再現がとれる。Issue では Variable importance を確認したところ、soil 由来の菌が上位であることも言及されている。

github.com

 


Twitter で、Nature 論文の Author らの検証結果に関するさらなる追検証が行われている。このツイートでは、分類の Importance が高い菌が、コンタミなどで多く見られる菌であることを指摘している。

 


Science誌面に Nature 論文と、プレプリントに関する記事が出ていた。Authors にインタビューもしている。

https://www.science.org/content/article/major-errors-alleged-landmark-study-used-microbes-identify-cancers

 


Nature にはさらに、Matters arising として、膵がんの mycobiome を検討した論文への批評が出版されている。このタイミングで!

www.nature.com