Interest in microbiology

microbiologyに興味のあるMDです。面白そうな論文を紹介していくつもりです。

微生物の存在度差異の解析 (DAA)手法の総合評価についてのレビュー

DAA手法のレビューは幾つかあるが、Microbiome誌に新しい論文が出版されていた。

microbiomejournal.biomedcentral.com

Compositional effectを考えたDAAツールであるANCOM-BC, Aldex2, metagenomeSeqとDACOMP、LDMを比較し、これらはFalse-positiveのコントロールに有用であるが、強いcompositional effectがある場合にはコントロールしきれない可能性が示唆された。

そのため著者らはZicoseqというPermutation-baseの手法を提案している。

(本文内に直リンクは無いがおそらく下記)

github.com

 

Nature CommunicationsにもDAA手法を比較した論文が出ており、興味深い。

www.nature.com