2022-01-01から1年間の記事一覧
r - how can I avoid extreme when I am trying to plot heatmap of a data - Stack Overflow あまり考えたことが無かったが、データをいじらずに表示するには、確かにこうするしかないか。
Error: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error github.com sqlite3 まわりのエラーらしい。私は3.7.17でエラーが出たが、上記Issueでは3.30.1を利用している。3.8.2以降であれば問題ないという記載もあるが、それ以前のバージョ…
Finding maximum sequence length and set size.Error: msa2profile died github.com mambaでインストールしていたが、バージョンによってeggNOGがインストールできない。Sourceからインストールすることで解決した。 github.com
DAA手法のレビューは幾つかあるが、Microbiome誌に新しい論文が出版されていた。 microbiomejournal.biomedcentral.com Compositional effectを考えたDAAツールであるANCOM-BC, Aldex2, metagenomeSeqとDACOMP、LDMを比較し、これらはFalse-positiveのコント…
複数のサンプルからアセンブルするのに、どのような考え方があるのか。最近下記のような論文がMicrobiomeから出版されており、これは(1) individual assembly: 各サンプル毎のアセンブリ -> それぞれの遺伝子についてクラスタリング、(2) co-assembly、(3)in…
versionの問題のようで、1.3.0にアップデートすることで解決する。 Fortran runtime error when using authority_score() · Issue #299 · igraph/rigraph · GitHub
RNA-Seqの表記ですが、RNA-SeqとRNA-seqのどちらかが正しいんでしょうか。Sを大文字にするかどうかの微妙な部分ですが、正式な表記をしたいですね。 Google検索では下記のSEQanswers(フォーラム)のポストが挙がってきます。 seqanswers.com これによると"RNA…
iMetaというジャーナルがWileyから発刊され、記事がpublishされ始めているようです。Editorial Boardも高名な先生ばかりですね。メタゲノムに関連したバイオインフォマティクスツールなどもpublishされるようで、伸びそうな気がして記事にしました。下記のよ…
github.com 全くmicrobiologyと関係ありませんが･･･ pandas 1.4.0を使っていると表題のエラーがでるようです。 pandas 1.3.5にダウングレードしましょう。 pip install pandas==1.3.5
