属や種内の16S rRNAの違いを評価できるRibDifを使ってみた

RibDifというアプリケーションがBioinformatics Advancesで公開されていた。属や種内の16SリボソームRNA遺伝子の違いを評価することが可能で、アンプリコンシークエンスを行った際にSpecies resolutionが可能かどうかを検討評価できる。特定の属について議論するときにこのようなツールの評価結果をサプリメンタルに載せることとかができれば、より議論が深まる可能性がある。インストールはGitHub内に記載されておりcondaを使って非常に簡単。Ubuntu 20.04で試しています。今回はNeisseriaを評価。

~/RibDif/RibDif.sh -g Neisseria

V3-V4領域のサマリを表示。

cat ~/Neisseria/amplicons/Neisseria-v3v4-overlap-summary.txt
Summary:

Genomes: 238
	Named: 235
	Non-named: 3

Named species: 24

45 of 238 (18.91%) genomes have multiple alleles.

6 of 24 (25%) species have at least one overlap.

The following species overlap:
	 meningitidis/polysaccharea
	mucosa/subflava
	perflava/sicca
	mucosa/sicca

pheatmapを使ってヒートマップを出力してくれる。MakeHeatmap.Rというスクリプトでデフォルトで実行される。

RibDif_Results_Neisseria

Paper内でも指摘されているようにV3-V4領域のみだとSpecies overlapを認める。V1-V9ではNeisseriaではzero species overlapという結果だった。
さらに、特定のSpecies内の詳細もヒートマップで可視化できる(MakeSpeciesHeatmap.R)。今回はmucosa, perflavaとオーバーラップのあるsiccaを指定。

Neisseria_sicca