表題、あまり数は無いみたいですね。Complete genomeから16S領域を抽出したくて探してみましたが。
RNAmmer(http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/)はweb版はありますがacademic useには登録が必要みたいです。SEARCH_16S(USEARCH)(https://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_search_16s.html)は64bit版でないと使用できず。。唯一barrnapがgithubで公開されていて、HMMを用いて予測、出力してくれます。実際RNAmmerの代替として開発したらしい。
