DESeq2
マイクロバイオーム関連でも沢山使用されはじめたDESeq2に関するメモ。
・プレフィルタリングについて
「例えば、(合計が)＊＊＊readよりも少ないサンプルを除去する。このようなデータクリーンアップは有用であり、必須であり、論文にはよく詳細を記載する必要がある。なぜなら明確な記載なしにデータを削除したり変更したりするのは危険だからである。この場合はデータを自分で探索的に見て、色々なプロットを削除しています。」
どんな探索したんだよ！
[1] Example using Negative Binomial in Microbiome Differential Abundance Testing
・Taxonomy abundanceのPlottingについて
plot_barより、[2]のplot_abundanceの方がキレイにplotできる。
[2] Workflow for Microbiome Data Analysis: from raw reads to community analyses.
・Beta-diversity計算の前のノーマライズについて
Weighted UniFracなどabundanceを考慮した距離指標を用いるときの事前ノーマライズについて。 Raw dataをそのまま計算、Log変換、Relative abundance変換、そしてDESeq2のVariance Stabilizing Transformationと、rlog transformationなどなど。。
[3] Simulation A in "Waste Not, Want Not" · Issue #299 · joey711/phyloseq · GitHub
