SRAから簡単にシークエンスとメタデータをダウンロードできるgrabseqs

github.com

とても便利でした。SRAからone lineでメタデータ含めてデータをダウンロードできます。それでもBioinformatics誌に載るのね･･･

grabseqs sra SRP#######

Taylor LJ, Abbas A, Bushman FD. grabseqs: Simple downloading of reads and metadata from multiple next-generation sequencing data repositories. Bioinformatics [Internet] 2020;Available from: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa167

grabseqs: Simple downloading of reads and metadata from multiple next-generation sequencing data repositories | Bioinformatics | Oxford Academic

(2021/10/25)

こちらも便利

ewels.github.io