BiobakeryがBioinformaticsに収載されているのですね。知らなかった。ハッテンバウアー先生のラボは本当にすごいと思います。
bioBakery: a meta’omic analysis environment | Bioinformatics | Oxford Academic
最近は、臨床医としてはマイクロバイオーム研究もやはり人の治療に還元出来てこそと思います。
・PICRUStのアウトプットをHUMAnN2で使用するには。
(PICRUSt outputの項)
(2021/10/23: Bitbucket(https://bitbucket.org/biobakery/humann/wiki/Home)からGitHubへリンク変更)
さて、これを見た時些かハテナとなりました。PICRUStは既にpredict_metagenome.pyでfunctional predictionを行っているのに、それをやり直す？ということ？フォーラムでも質問がされておりました。
やり方は
Pathway reconstruction humann2 · An Introduction to QIIME 1.9.1
もしくは、本家にも記載されています。
PiCRUSTとHUMAnN2で少しアウトプットが変わります。
